城镇与农村兄弟合建房问题

关于小产权房的问题,我爸原本是在农村生活,后来为了生活方便转了农村户口,而我叔是农村户口,现在我叔有一块地,但他没钱建房,而我爸愿意出资给他建房,房屋一人一半,但后来发现即使签订合建房屋协议,协议也无效。现在房子已经建了,请问有什么办法可以保证我们的权益。