这种情况购房合同有效么?有什么风险么?

单位购房，不动产权证已经办理，但经办部门提供的购房合同无网签备案号，解释是双方正式签订合同修改了房管的格式合同，因此没法输入到系统中网签备案，只能将正式签订合同部分条款输入到系统的格式合同中，完成网签备案，但这份有备案号的合同只有开发商盖章，这样合理么？有什么风险么？